マニュアル車の欠点
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- シフト操作の際に多くはクラッチ操作も伴うため、特に渋滞時やごくごく低速の移動（車庫入れ時など）、坂道発進、シフトダウン（ギアを低速段に切り替える）渋滞がひどい道路を運転するとクラッチ操作を行う左足が痛くなったり、また、マニュアル車による坂道発進難しいです
- シフト操作を常に人間が意識的に行う必要があるため、操作が煩雑であり状況によっては不注意や操作ミスを誘引しかねないリスクもあります。但し、運転技術の習熟によって解消される場合がほとんどです。
- 理論上は有利とされる高出力や高燃費もそれを操作する人間の判断に左右されるため、不適切な操作を繰り返すとかえって非効率的な結果を招く場合がある。特に無駄に回す人も多く（ATの場合は適当な所でシフトアップされるのでその心配は少ない）、騒音や危険走行の元になりえます。